Una vez iniciado el arbitraje, es frecuente que las partes acuerden los pormenores del procedimiento, tales como la forma y las fechas en que habrán de presentarse las pruebas, la posibilidad de presentar documentos sin traducción (lo cual aminora los costos del arbitraje), la forma y las fechas en que habrán de presentarse los alegatos, etc. Este tipo de acuerdos entre las partes se distinguen del acuerdo arbitral, ya que éste sirve de presupuesto procesal al arbitraje, y aquéllos son de carácter accesorio. Si falta acuerdo arbitral, no hay arbitraje; si faltan acuerdos sobre el procedimiento, el arbitraje se lleva a cabo sin mayores contratiempos y el tribunal arbitral es quien decide los pormenores del procedimiento. Cabe señalar que la Secretaría propuso que se hiciera la distinción entre acuerdo arbitral y acuerdos sobre procedimiento (A/CN.9/WG.II/WP.50, párrs. 12-14).

La distinción entre acuerdo arbitral y acuerdos de procedimiento es importante, ya que al primero le es aplicable el requisito de forma analizado anteriormente, y a los segundos no. Así, es común que las partes lleguen a acuerdos verbales sobre el procedimiento que ellas espontáneamente cumplen o que el árbitro hace suyos al emitir órdenes procesales. Aunque ese tipo de acuerdos son factibles, es necesario dejar constancia escrita de los mismos, en particular cuando el acuerdo en cuestión modifica lo dispuesto en la cláusula o el reglamento arbitral. No obstante, cuando no se celebra la modificación por escrito y ninguna de las partes objeta oportunamente la violación al acuerdo arbitral, dicha violación se entiende convalidada (véase núm. 10).